Obwohl viele annehmen, dass der Ursprung des Käsekuchens in New York liegt, geht dieser köstliche Nachtisch tatsächlich auf die antike griechische Geschichte zurück. Vor über 4.000 Jahren, im 5. Jahrhundert v. Chr., stellten die alten Griechen auf der Insel Samos den ältesten bekannten Käsekuchen her.
Der ursprüngliche Käsekuchen bestand aus Frischkäse und Quark, der mit lokalem Mehl und Honig verfeinert und in einem Lehmofen gebacken wurde. Diese einfache, aber schmackhafte Kreation wurde oft vor einem Kampf oder Sport genossen und galt als ausgezeichneter Energielieferant. Es gibt sogar Belege dafür, dass Käsekuchen den Athleten bei den ersten Olympischen Spielen im Jahr 776 v. Chr. serviert wurde und auch als Hochzeitstorte beliebt war.
Im Mittelalter wandelte sich der Käsekuchen im modernen Europa und wurde als Gebäckboden in Form einer Torte verwendet. Das erste englische Kochbuch von 1390 enthielt bereits mehrere Variationen des Käsekuchenrezepts mit Eiern und verschiedenen Geschmacksprofilen. Die Liebe der Engländer zu diesem köstlichen Dessert spiegelte sich in fast jedem englischen Kochbuch der folgenden fünf Jahrhunderte wider.
Mit der Zeit fand der Käsekuchen seinen Weg in die amerikanischen Kolonien, und in den 1730er Jahren wurde in Philadelphia das Cheesecake House Tavern eröffnet. Martha Washingtons geschätztes Kochbuch aus dem 18. Jahrhundert enthielt drei verschiedene Käsekuchenrezepte, eines davon sogar ohne Kruste und mit Aromen wie Rosenwasser und Gewürzen. Im 19. Jahrhundert wurden subtilere Zutaten wie Zitrone und Vanille in Käsekuchenrezepten verwendet.
In den 1930er Jahren erfolgte eine drastische Veränderung in der Grundlage des amerikanisierten Käsekuchens. Der traditionelle Quark wurde durch cremigen Frischkäse ersetzt, was zu einem reichhaltigeren Genuss führte. So entstand der berühmte New Yorker Käsekuchen, der in den 1900er Jahren zu einer Obsession wurde. Heute findet man Varianten von Käsekuchen in nahezu jedem Restaurant und jeder Kneipe, und der New Yorker Käsekuchen bleibt eine der beliebtesten Variationen dieses köstlichen Desserts.